Pramuka adalah ekstrakurikuler sekolah yang membentuk karakter siswa agar memiliki jiwa ketangguhan, keberanian, memiliki kepribadian baik dan aktif baik di lingkungan sekolah maupun masyarakat.
Ekstrakurikuler Pramuka wajib diikuti seluruh siswa kelas VII. Kegiatan ini rutin dilaksanakan setiap hari Jum'at setelah sholat Jum'at. Untuk pembina Pramuka di UPT SMPN 16 ada 3 yaitu Bu Puguh, Kak Agus dan kak Sumarto. Adapun Kegiatan Perkemahan yang dilakukan setiap tahun seperti Persami (Perkemahan Sabtu Minggu) yang diikuti siswa kelas VII, Jambore tingkat kecamatan yg diselenggarakan pada bulan Agustus dan kegiatan Jambore tingkat kabupaten di Pulau Bawean pada tahun 2023.