Untuk mengembangkan potensi dan minat bakat siswa UPT SMPN 16 Gresik memiliki kegiatan ekstrakurikuler atau ekskul yaitu kegiatan tambahan yang dilakukan di luar jam sekolah yang dilakukan di lingkungan sekolah dengan tujuan untuk mendapatkan tambahan pengetahuan, keterampilan dan wawasan serta membantu membentuk karakter peserta didik sesuai dengan minat dan bakat masing-masing. Beberapa ekskul yang dapat diikuti siswa-siswi sebagai berikut:

• Ekskul Pramuka
  Pembina: Bu Puguh, Kak Agus, dan Kak Sumarto

• Ekskul Volly

          Pembina : Akuwan T, S.Pd, M.M, Ahmad Mashudi, S.Pd, Dali Irwangga

• Ekskul Tahfidz

          Pembina: Zainun Nashori, S.PdI

          Ekskul Tahfidz

• Ekskul Bahasa inggris (ECC)

          Pembina: Imam, S.Pd

          Ekskul Bahasa Inggris (ECC)

• Ekskul Tari

          Pembina: Nenny Elvandari, S.Kom, S.Sn

          Ekskul Tari

• Ekskul Karawitan

          Pembina: Sukating, S.Pd

          Ekskul Karawitan

• Ekskul Lukis

          Pembina: Triono Riyanto, S.Pd

          Ekskul Lukis

• Ekskul Futsal

          Pembina : Ahmad Mashudi, S.Pd

          Ekskul Futsal

• Ekskul Hockey

          Pembina: Nafiatus Saadah

          Ekskul Hockey

• Ekskul PMR

          Pembina: Drs. Mujiono

         Ekskul PMR

• Al Banjari

         Pembina: Yudi

              Ekskul Al-Banjari